英语中有why it is...?的提问结构吗？

有的，如果是单一的特殊问句，就用 “疑问词+be/助动词+主语……？”这种主谓语颠倒的形式，如果是在名词性从句中，则采用“疑问词+主语+谓语……。”这种陈述句形式。如：

Why is it so late ?

I don't know why it is so late .