loom文件的生成

在 单细胞测序的轨迹推断 中，我们介绍了RNA速率分析的原理，进行速率分析的前提就是需要得到未剪切的 (unspliced) 和剪切的 (spliced) mRNA信息。

这个文件需要我们从fastq文件开始，与基因组比对的到sam文件，从sam文件转成bam，再从bam中提取上面的消息，得到 .loom 为后缀的文件。（参考： 生物信息学常见数据格式 ）

loom文件的生成需要使用velocyto。针对不同的测序平台，velocyto有不同的方法进行loom文件的提取，参考官网： /2020/11/10/RNAvelocity(1)/