初音岛3中，芳乃清隆与芳乃樱真的是爷孙关系吗？但时间上完全不对啊，而且他与义之简直一个模样，求解惑？

不算是真正的爷孙关系，樱是清隆与立夏前世的孙女，这里的这个樱是穿越过来的。你看仔细了，清隆跟义之长得并不像，发型根本不一样嘛，再说D.C.III的故事是在D.C.II故事之后的约20年，这时义之还活着呢。