真嗣最后和谁在一起了？

明日香。

明日香并没有被补完，所以明日香被量产系列所消灭，在最后真嗣被神要求说出愿望，此时真嗣表达出了，自己最喜欢的就是明日香。

补完失败后，真嗣想让明日香复活，神就让明日香复活了。最后明日香出现时绑着绷带（象征母性的回归），正好与TV版第一话丽出场时绑着绷带相照应。

真嗣与明日香：

斯德哥尔摩式的情感——一方面真嗣对明日香的进攻式交流是畏惧而抵触的，但另一方面他的心理上也是十分依赖明日香的，这种割裂的情感使得观众在审视这两个人的关系时，看CP也不像，又有点欢喜冤家的感觉。

明日香喜欢真嗣，真嗣也对明日香有感情。但是明日香却很反感真嗣懦弱的性格，而且很讨厌真嗣和丽在一起，明日香童年的遭遇使她渴望别人的认同和理解她内心的孤独，来确定自己存在的意义。