都是研究禁术，扉间得到了初代的默许，大蛇丸为何被三代赶尽杀绝？

个人认为有以下这些原因：

目的不同

初代火影千手柱间创立了忍者村模式，在他牺牲后二代火影继位。千手扉间在位期间研究了不少忍术，比如说飞雷神、影分身与秽土转生等高等忍术，还研究出了宇智波一族写轮眼是因为失去爱的痛苦导致大脑分泌特殊查克拉造成的症状的科学原理。其实二代火影研究期间初代火影也一直关注着他，因此每每扉间研究出一个新的忍术，初代火影都会将其列为禁术封存起来，久而久之由第二代火影扉间所发明的禁术塞满了整个木叶藏书室。

二代火影研究忍术和大蛇丸研究禁术有些地方是一样的，都是因为兴趣而研究，但是二代火影的研究是用于维护木叶和平，大蛇丸的研究则会给木叶带来毁灭性的灾难。这样说吧，二代火影不知道那是禁术所以研究，而大蛇丸是明知道那是禁术却非要研究。

背景后台不同

二代火影千手扉间是初代火影千手柱间的亲弟弟，也是千手一族为数不多的幸存者，拥有初代这位?忍者之神?作为后台，哪个人敢于当面指责二代火影？就算二代火影偷偷藏起了宇智波斑的尸体研究，也没有人会知道。

而大蛇丸就不同了，他并不是什么显赫贵族，没有什么硬气的后台，唯一支持他的志村团藏也斗不过三代火影，可以说大蛇丸当初就是缺少一个可靠的合作者，如果他跟三代明说想要就要忍术，只要不太出格，三代想必也是会同意的。

所处的时代不同

在千手扉间研究忍术的那个时代，初代火影依然在世，那时候整个忍界相对来说比较和平，因为初代将尾兽抓捕起来送给各个村子换来了短暂和平，二代火影研究忍术没有人会说什么；大蛇丸所处的是战乱不断的年代，第二次忍界大战刚刚结束，世界动荡不安，如果大蛇丸研究禁术被其他村子知道了，他们会联合起来攻击木叶，那时候就不是大蛇丸一个人的事，会牵扯到整个木叶。

因此三代火影对大蛇丸赶尽杀绝！