蛋白质组学数据搜库及FDR的控制

蛋白质组学中，各种软件对质谱得到的谱图进行搜库时通常是利用以下三种方法之一进行：

2.实验和计算得到的谱图的自相关性（最先应用于SEQUEST）；

3.计算观测到的理论碎片质量和实际碎片质量之间匹配上的数目来自于偶然的概率（Mascot中率先使用）。

针对Andromeda肽段搜索引擎做些介绍：

嵌入到MaxQuant中Andromeda肽段搜索引擎就是基于二项式分布概率对肽段-谱图进行打分的，同时利用该得分进行后续的分析，如：对肽段进行排序、确定肽段修饰的可能性；standalone Andromeda可以处理少量的谱图，每张谱图经处理后都可以得到对应的有得分的肽段列表和蛋白列表，没有严格的FDR的控制。

Andromeda的优势展现在：1.确定同一肽段的多种修饰；2.解析混合谱图。

结合Proteome Discoverer 2.2中应用的算法，对一些细节进行解释。