what you want和what do you want 这两句有什么区别?都对吗?

这二者是不同的。what you want只能用于从句里（通常是宾语从句）。例如：

May I know what you want?

what do you want (to do)?(你想要什么/做什么？）是一个特殊疑问句（单句）。