惠嫔和温实初被皇上发现了吗

是。

根据查询优酷网得知，《甄嬛传》中，惠嫔和温实初的私情被皇上发现了。在《甄嬛传》第64集中，甄嬛得知允礼已死，为了避免甄嬛将来给允礼报仇，皇后设计让甄嬛误会是眉庄的孩子是温实初的，害得眉庄难产而死，甄嬛悲痛欲绝，百般寻找真相，最后知道是皇后和祺嫔所为。