第二次宇宙大战的过程

一艘机器人统治者的母舰驶入地球轨道，并对驻扎在纪念碑市附近的地球防卫军发动了一次试探性袭击。袭击被击退了，但母舰仍停留在地球轨道。

面对敌对行为，南十字军（由全球联合武装的精锐部队组成）准备反击。向公众宣布敌人的详细情况，政府和军队开始准备战斗。 机器人统治者派遣一支秘密探险队挖掘太空堡垒I号(SDF-1)的遗址，被两名正在巡逻的全球联合武装的战士发现。其中一名士兵被俘，关押在机器人统治者的指挥舰里。

一场未经允许的擅自行动，成功救出被俘士兵。战斗随着双方增援的来到而很快陷入僵持的局面，直到一艘母舰出现，生化战士和指挥舰在母舰掩护下撤离战场。 机器人统治者突袭并消灭了一个全球联合武装的基地，打破了双方未宣布的暂时停火。二十多名幸存者被俘虏，引起公众骚乱爆发。

迫于政府首脑的压力，安那托利·伦纳德上将（南十字军最高指挥官）无视参谋会议的劝告，命令立即进行报复性攻击。但对机器人统治者母舰的袭击以彻底失败而告终。

开始对机器人统治者技术进行研究。地球的科学家们断定生化飞行员是人类而非原先假设的微缩化的天顶星人，但这些信息被列为最高机密。

机器人统治者母舰的弱点被发现，15小队空降到旗舰上攻击此弱点。袭击成功，外星母舰坠落在纪念碑市目所能及的地面上。

由戴纳·斯特林中尉率领的第15小队成功地潜入坠落的旗舰。搜集了大量有价值的情报，包括擒获一个生化机器人。 对被俘的生化人的分析，揭示了许多关于机器人统治者的机甲和克隆机器人使用的信息。

在坠落的旗舰周围进行不间断的巡逻侦察。总参谋部对于机器人统治者和他们的来地球的真实目的争论不断。

机器人统治者袭击纪念碑市的平民，200多平民被俘。 为了获得更多关于地球上人类的信息，机器人统治者决定向人类社会安插一名间谍——佐尔·普莱姆，他们最具有价值的克隆人之一。机器人统治者重新夺回了坠落在地球上的母舰，在这场战斗中机器人统治者故意让佐尔被俘。

全球宪兵队俘获受伤的佐尔·普莱姆。在南十字军总参谋长罗尔夫·爱默生将军的帮助下，他被关押在一个安全场所，进行医学观察。

一艘来自遥远太空的先锋远征行动的战舰赶回地球，在撞毁一艘机器人统治者母舰时被摧毁。伦纳德将军和爱默生被告知他们无法从太空堡垒远征军获得任何帮助。 在爱默生将军的指示下，佐尔·普莱姆被安排进了一个太空堡垒防卫军小队，旨在希望军队环境能唤醒他作为生化人飞行员的记忆。而之所以选择戴纳·斯特林中尉的15小队，是因为戴纳的天顶星血统以及过去她和佐尔在战场上相遇过。

佐尔·普莱姆无意中听到爱默生将军谈论地球舰队正在准备发起进攻，而机器人统治者也立刻截听到了这个情报。这是因为他们在佐尔的脑中安装了传感器，以此来控制他并收集关于人类战斗计划的情报。 地球舰队在太空中向机器人统治者发起第一次全面进攻。机器人统治者借助植入佐尔·普莱姆大脑中的传感器，对进攻的时机和规模了如指掌，这次进攻失败得迅速而彻底，少数幸存下来的大型战舰撤退至阿路司-1号月球基地。

佐尔开始回忆起机器人统治者三位一体的本性。而在太空战斗中观察到的情况则证实了他的回忆。戴纳·斯特林和佐尔·普莱姆在太空堡垒I号遗址中发现了外星花株的存在。

最高指挥官伦纳德下令第二轮攻击部队会合前一轮的残部，向机器人统治者发起联合进攻。 机器人统治者根据从毫不知情的间谍——佐尔·普莱姆那里获得的情报，偷袭了援救阿路司-1基地的第一骑士团舰队。尽管处于劣势，但第一轮进攻舰队和第一骑士团成功地进行了反击，迫使机器人统治者撤退，第一骑士团和第一轮进攻的残部一起安全撤回地球。

罗尔夫·爱默生将军被委任为对抗机器人统治者的第二轮进攻的总指挥。 在从超太空返航的远征军部队增援下，爱默生将军指挥的第二轮进攻部队向机器人统治者舰队发起了一波联合进攻，使得第15战术装甲小队成功突入泰洛母舰。机器人统治者再次加强了他们对佐尔·普莱姆的控制，并俘虏了突入的地球部队。在爱慕第15小队战士鲍伊·格兰特的泰洛乐师缪西卡的协助下，戴纳·斯特林和她的小队成功脱逃并救出佐尔，在此过程中还摧毁了机器人统治者的一艘泰洛母舰。交战双方被迫撤退，最终决战的时刻迫近了。

机器人统治者的处境已经变得绝望。由于他们的史前能量容器受到盛开的生命之花污染，泰洛克隆人变得越来越难以控制和不可靠。种种迹象表明，他们的宿敌因维人即将到来。机器人统治者决心找回他们的史前能量母体，而它正隐藏在佐尔战斗堡垒（现在的SDF-1残骸）的深处。

逃亡地球的缪西卡和鲍伊一起受到南十字军宪兵部队的追缉。在此过程中，意志日渐消沉的佐尔·普莱姆和第15小队的其他成员发生了激烈矛盾。他们进入SDF-1残骸的深处，佐尔·普莱姆在那里受到刺激，恢复了原始佐尔（机器人技术创始者）所留下的记忆。佐尔·普莱姆决心彻底毁灭机器人统治者和史前能量母体。

不顾机器人统治者要求人类撤离地球的最后通牒，南十字军最高指挥官伦纳德下令集合所有部队发动最后攻势。双方损失惨重，爱默生将军和伦纳德将军在行动中先后身亡。不惜一切代价，机器人统治者向他们的目标——SDF-1残骸推进。

在戴纳·斯特林和她的第15小队协助下，佐尔抢在机器人统治者恢复史前能量之前成功复仇，击毙了机器人统治者的三首领。在确认戴纳和她的小队战友们平安返回地球后，佐尔自爆泰洛旗舰，希望以此撞毁SDF-1残骸中的史前能量母体。然而，佐尔最后的牺牲行为却只是使得因维生命之花的孢子四处飘散，史前能量到处释放。第二次宇宙大战就这样结束了。