关于火影忍者的剧情发展
佐助在咒印状态下的千鸟佐助与鸣人开始了大战。起先鸣人使用体内九尾的力量占据上风。但佐助在对阵中升级了他的写轮眼，和鸣人打成平手。这时鸣人让九尾的查克拉环绕在自己周围，并长出一条尾巴。而佐助则使用了咒印的状态二，变成了鹰的形态。两人各自使出绝招——鸣人的九尾力量的螺旋丸和佐助的咒印状态的千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。在僵持状态下，佐助击中了鸣人，而鸣人则在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸威力足以山崩地裂。之后，鸣人昏倒在地。胜利了的佐助并没有杀死鸣人，因为纵使佐助多渴望得到力量——万花筒写轮眼，他仍绝不希望以杀死自己最重视的同伴鸣人为代价来换取。佐助离开了鸣人，去寻找大蛇丸。
第二部
第二部开始时，佐助的面貌没有太大的变化。他依然冷酷、强大，而且斩断了与鸣人和小樱之间的友谊，全身心地去追求力量。在三人再次见面的时候，佐助毫不犹豫地攻击鸣人和小樱，不留一点情面。但另一方面，对於一些陌生人，他反而不大愿意随意杀戮。佐助和大蛇丸之间也仅仅是互相的利用关系。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。只有在训练的时候，他才愿意和大蛇丸在一起。佐助没有佩戴音忍的护额，他身上唯一的标记就是宇智波一族的纹章。
在第一部到第二部的两年半时间里，佐助的能力大大提高。他使用一把长刀作为武器，并开发了新术千鸟流，可以让全身布满电流，攻击靠近的敌人。他还掌握了雷系查克拉的状态变化，可以不借助任何媒介使查克拉刀任意变化。可能由於大蛇丸的影响，佐助学会了类似潜隐蛇手的忍术。他对咒印的控制能力也大大提高，可以做到将身体的一部分提升到咒印状态。佐助实力更为深不可测，连九尾都忌三分。
佐助与佐井篇
在第二部中，佐助在和佐井见面时初次登场。他对佐井的出现无动於衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。
几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助说他对九尾说的毫不知情，然后开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人。两个人又回到了现实之中。就在佐助准备使用绝招将众人一举歼灭的时候，大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便於他对鼬的复仇。於是佐助一行三人就消失了。
大蛇丸之死篇
佐助再次出现在一群被他打倒的忍者中间，他身上乾乾净净，一点伤都没有。大蛇丸说即使是号称天才的他在当年也没有如此实力。由於佐助觉得自己已经没有什麼可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然发难，用查克拉刀攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身「白鳞大蛇」，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬相同的惨败，他的精神世界完全被佐助吞并了。
在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到北秘所，说服了有特殊能力的管理员香燐入伙，然后释放了所有的囚徒。佐助最后的一个队友是重吾。此人是咒印的源头，双重性格，有抑制不住的杀人冲动。佐助、水月和香燐来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处於杀人冲动中的重吾正想与水月打起来，很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的高压下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又谓君麻吕已为他而死，此刻重吾终於知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有甚麼能耐可以令到君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而天下大乱。佐助跟“晓”的阿飞、迪达拉开战。迪达拉败阵下来，最后迪达拉为了证明自己的艺术，自行爆炸，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用时空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而迪达拉则在爆炸中死亡……
兄弟决战篇
在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务，而“蛇”的成员香燐发现木叶的人在追踪佐助，“蛇”便到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬便指示佐助往宇智波一族的故地，来个了断。途中佐助先到故地南贺的神社大堂，并在那里的秘密集会场所，发现鼬所指的宇智波瞳术『万花筒写轮眼』的存在目的--为了能够控制九尾的力量。亦得悉万花筒写轮眼的使用，最终是会招来失明的命运。
两兄弟甫决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀;但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟流攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。他从鼬口中得知宇智波一族创始人--宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起灭了全族。亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬续向佐助说万花筒写轮眼的另一秘密，就是本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从其他族人中夺取同样的眼后而创造有独特力量的『新双瞳』，而且永不会堕入黑暗的失明世界中。因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作为他的『备用品』，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运。
佐助知道一切真相后，亦有所行动。虽然佐助巧妙利用飞膘攻击及以蛇身作掩护，但因与鼬间有一段实力差距，受鼬所制肘，并被鼬夺去了左眼。当然，实际上这些都只是鼬以『月读』所制造出来的幻象，鼬本以为这样便可能使佐助的实体陷入麻痹当中。但想不到的是佐助却有能力破解他的『月读』，反使鼬左眼受伤。佐助指出瞳术毕竟也只是工具，写轮眼也有可以超越万花筒写轮眼的力量。鼬的幻术失效，又有左眼受伤，故佐助乘胜使出擅长的『影风车之术』，使鼬身体受创。后再以『火遁·豪火球之术』攻击鼬，鼬亦以『火遁·豪火球之术』还击，但被佐助压制下来。
此际鼬突然使出高级瞳术『天照』，黑色的火焰把佐助的火焰吞噬下来，并一度欲把佐助也吞噬掉。佐助於是便巧妙地使出大蛇丸流的变身术，使真身穿入地底当中以避开『天照』的吞噬;他又清楚鼬使出『天照』之时是没法进行变身，也深知鼬的体力已到极限，故在地底中进入咒印状态2，并使出『火遁·豪龙火之术』之术突击在地上、已受伤的鼬。鼬虽仍能避开，但右手却被烧伤，而之前的战斗亦使鼬满身伤痕，查克拉已用尽。佐助同样也在使出火遁之时已把查克拉耗尽，但为了杀鼬他已早有准备，将要使出最终的极秘忍术对鼬必杀……
391回中，原来佐助是透过火遁术射向天空以制造出雷电，并将巨大的雷电之力集中於手中并引向攻击鼬。这个被佐助名为『雷遁·麒麟之术』，一举将鼬所身处的岩石击得粉碎，佐助亦满心以为鼬的死期已到……但意想不到的是鼬却也使出终极防御，防御了佐助的轰击;鼬亦使出了他的终极之术『须佐能乎』，原作防卫的骷髅慢慢化成巨人。就在此际，本来被佐助夺去力量、而隐藏在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际占用其身体，使出『八歧之术』变化出八歧大蛇。但一如日本神话情况，八歧大蛇先后被『须佐能乎』斩下头颅;而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，被『须佐能乎』的十拳剑(别名酒刈大刀，草剃剑的其中一把，能将所有刺中的东西封印在醉梦的游离世界内)刺中，连同八歧大蛇一起被吸进『须佐能乎』所持的酒瓶内。佐助同样地也克制了大蛇丸的控制而平伏过来。但佐助此时已用尽写轮眼的力量，其写轮眼亦消失。
面对鼬强大的『须佐能乎』之术，佐助又没有写轮眼的力量，唯有不断以引爆符进行攻击;但这却一一被『须佐』所持的『八咫镜』抵御过来，鼬更步步迫近。意想不到的是，鼬似乎因使用『须佐能乎』之术而使身体全面崩溃，口吐大量鲜血，在佐助的额头前轻轻按了一下，在佐助耳边说了句密语（其实是说『对不起，佐助，已经没有下次了』），然后突然倒下。鼬躺在佐助旁边的地上，而佐助却一直呆站著。天降大雨，而天照之火仍不熄灭的燃烧…当佐助看见旁边的鼬再也不动后，笑了一笑也接著倒下……
捕捉八尾篇
佐助醒时已发现身处异地，而宇智波斑亦在其面前出现，有关於宇智波鼬的真相亦将被揭开。当佐助看见斑的真面目时，左眼自动启动万花筒写轮眼，并使出了『天照』；据斑所说，鼬在临死前曾把瞳力注入了佐助体内，目的是保护佐助，不让斑接近他。又从斑的口中听到鼬杀害全族，是因为木叶高层所下达的命令而感诧异。佐助终於明白鼬一直以来的行动，除了为了木叶，也是为了保护自己（如：消除了身上的天之咒印），不禁流下男儿泪。 然而，他却选择走上了与兄长迥异的道路…他目前与蛇小队众人会合，改队名为『鹰』，并确定了新的目标——『毁灭木叶』，以他的方式复兴宇智波家族。他将与斑所率的『晓』联手，除目标是针对木叶的上层外，亦协助捕捉另一头尾兽。目前身处在雷之国，使幻术迫使来自夜月一族的云忍供出八尾人柱力的位置，并前往云雷岟，向八尾直接道出要把他抓走。
佐助与八尾人柱力奇拉维交锋，连续两次被其击倒，甚至连内脏都被挖出来，但鹰小队的香燐和重吾却把他救活，因而惹恼了人柱力，并现出巨牛真身!!水月为了保护虚耗过度的他们离开，自愿殿后阻挡八尾，可是不消一刻便被其击昏……佐助眼见身边的队友们不惜生命为了自己，又突然想起了在木叶时跟鸣人、小樱一起，内心再不感到犹豫和孤单，开启了右眼的万花筒写轮眼，倾力使出了鼬传承的忍术——『天照』，来个绝地反击……雄雄的黑色火焰在八尾身上燃点，将八尾逐步吞噬；而八尾在挣扎间，竟将一团火焰拨向香燐，香燐顿时昏倒在水中，身上的火焰也同样燃烧……重吾劝佐助离开，但燃起保护同伴之心的佐助却不愿离去，情急之下竟连左眼的万花筒写轮眼也启动了。奇迹的是，原来佐助双眼同开，竟有消灭『天照』火焰的功效，不单把香燐身上的火给熄灭，同时也熄灭已昏去的八尾身上的火焰。而佐助们亦完成捕捉八尾的任务(实际上抓到的是八尾脱下的章鱼脚，人柱力却已脱险了)，却惊动了八尾的兄长——『雷影』……