清朝初年，天下怎会有那么多的“朱三太子”？
“高皇帝在九京，不管亡家破鼎，那知他圣子神孙，反不如飘蓬断梗。十七年忧国如病，呼不应天灵祖灵，调不来亲兵救兵；白练无情，送君王一命。伤心煞煤山私幸，独殉了社稷苍生。”这是清代著名戏曲家孔尚任在《桃花扇》中，驻守武昌的左良玉听闻京师陷落、崇祯皇帝自缢煤山后，捶胸顿足后的一段唱词。
崇祯十七年，当李自成的农民起义军攻陷北京后，崇祯皇帝急忙在宫中鸣钟召集百官，意图寻求自救，然而，此时的文武百官早已不知逃到哪里去了，竟然没有一个人前来应诏。崇祯皇帝长叹一声，为了避免重蹈北宋徽钦二宗的悲惨遭遇，令后宫妻女遭受凌辱，他命后宫众妃嫔立即自尽，又亲自砍死自己的女儿。崇祯皇帝原有七个儿子，其中4个儿子早年已经病逝。崇祯皇帝无论如何也舍不得将剩下的三个儿子杀死，就让他们换上老百姓的衣服，在几个太监的护送下趁乱逃出了皇宫。这三个儿子分别是十六岁的长子朱慈烺；十三岁的三子朱慈炯；十二岁的四子朱慈照。
据《明史》记载，李自成攻破北京城后，马上派兵四处搜寻崇祯皇帝的后代，并令文武百官三日内前来拜见。没有逃出北京城的太子朱慈烺领着两位弟弟前去投靠自己的外公周奎，想不到周奎不仅吝啬小气，并且还目光短浅、胆小如鼠，竟然不敢让外孙登门，就这样，太子朱慈烺和皇三子朱慈炯、皇四子朱慈照落到了李自成之手。李自成于是就将朱慈烺等人交给刘宗敏监管，后来还将朱慈烺封为宋王。李自成兵败山海关后，撤离北京城时，就将明皇宫及九门城楼付之一炬，并“挟太子、二王西走”，从此，崇祯皇帝的三个儿子不知所踪。
也正因为他们的下落成为了不解之谜，明朝的遗老遗少们就利用他们的名号登高而呼，打着“反清复明”的旗号，发动了多达七十多次的民间起义，困扰了顺治、康熙、雍正、乾隆四代皇帝近百年历史。
顺治说，不管真假，抓住就杀！顺治元年冬，有一个姓刘的年轻人，自称是崇祯太子朱慈烺，来到太监杨玉的家中。杨玉就给他换了衣服，送到了他的外公周奎的家中。刘姓年轻人说，他在北京城陷落之时，逃到了李国公家，可是李国公的家人也都逃散了，他只好跟着一个卖豆腐的老婆婆生活了三个月。周奎见太子前来，非常高兴，并跪献酒食给他。但是时间一长，又觉得其中有诈，于是就报告了朝廷。清政府就命袁贵妃及东宫太子府的太监前来辨认。几个人看后，也觉得不太像，就问他当初宫中的旧事，刘姓年轻人也回答不出来，于是袁贵妃及东宫太监就上报朝廷，认为该年轻人是假冒的。清政府经过复审以后，对称宣传该男子假冒太子，予以处决。
顺治元年底，鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位英俊少年，于是，他们就结伴而行。夜晚睡觉的时候，穆虎发现少年内衣之上绣有龙纹，大吃一惊，慌忙问其身份。少年说：我乃崇祯皇帝太子，山海关一战被吴三桂抓住 ，后来又把我丢到了民间！穆虎不敢怠慢，日夜兼程，将其送到高梦箕处。少年见到高梦箕后，将自己在宫中生活的往事一一说给高梦箕听。高梦箕也无法判断少年身份的真假，只好将其安顿下来，之后又派人送他到了苏州，不久以后，又将其移送到杭州、金华居住。
少年到了杭州甚至招摇，不久以后，他的身份就被当时的南明小朝廷获悉。于是，南明弘光皇帝就立刻派出太监李继周前去调查，并将少年接到了南京城，安置在太平门内的兴善寺住下。弘光皇帝第二天上朝时说：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”为了证明少年太子身份的真伪，弘光皇帝就找来多位官员前来辨认。大学士王铎曾经担任东宫教官三年，经过他的辨认，认为该少年为假冒。弘光皇帝对该少年审讯得知，该少年实为附马之侄孙，名叫王之明，在南下逃难时，受人指使，就假冒崇祯之子，以谋求富贵。但是由于没有查出谋后主使是谁，就将该少年关进了监狱待审。不久清兵南下，弘光皇帝南逃，该少年就被清兵押解到了北京，不久就和朱由菘一起被清政府处决了。
关于北京和南京先后出现的明太子孰真孰假，不论在清初还是在现在，都多有争论，但是我们从其中也可以看出来，不管是南明小朝廷还是新兴的清政府，都不愿意承认他们是真的。虽然弘光皇帝声称“若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤”，其实，如果弘光皇帝真的承认了南京少年为崇祯皇帝之子，那么，弘光皇帝的合法性就会面临前所未有的挑战。比如，就在南京少年被扣押期间，宁南侯左良玉借题发挥，向朝廷发难，自称奉皇太子之命，前来“清君侧”，攻入了南京城。南明小朝廷发生了内讧，这也注定了南明小朝廷命不久矣。至于清政府，更不愿意承认北京和南京出现的两位少年是崇祯之后，如果那样的话，无论是杀是放都极为棘手，杀之，必将引起明朝遗民更大的反抗；放之，则会让更多的明朝遗民奉其为正统，引起不必要的动乱。所以，最好的办法就是，一律对外声称北京和南京两位少年均是冒牌货。
清政府虽然先后将南北两位假冒的太子处决，但是也让更多居心叵测的人有机可乘。顺治八年，陕西隆德县王道真自称是明天启东宫太子，暗地里招募英雄好汉，密谋“恢复故业”，被陕西平凉府捕获。虽然经过调查，王道真确为明宗室后人，清政府仍然按假冒前明东宫太子罪予以处决。
康熙说：天下怎会有这么多“朱三太子”，一定都是假冒的，杀！到了康熙年间，随着前明皇子隐匿民间的传说广泛传播，全国各地的反清组织纷纷打着明皇子的旗号与清廷斗争，尤其以杨起隆自称的“朱三太子”最为出名。
康熙十二年，杨起隆趁吴三桂造反，秘密潜入北京，在八旗奴仆之中展开了秘密活动，并计划于康熙十三年新年期间在北京城放火起义。杨起隆本就是一市井无赖，虽然没有什么政治立场，却利用了当时的满汉矛盾，以谋天下最大的富贵。于是，他就假冒民间不知所踪的朱三太子之名，秘密壮大自己的队伍。
十二月二十一晚，杨起隆联络了镶黄旗监生郎廷枢家中的奴仆黄裁缝、正黄旗周公直家中的奴仆陈益等三十多人来到北京西城鼓楼西街周公直家中召开秘密会议，就起义的相关事宜作出了具体布置：1、杨起隆自称“万岁”，建年号”广德”；2、义军称“中兴官兵”；3、二十三日五更，以白布裹头，红衣为号，约于北京城内外放火***举义事。可惜就在他们在室内密谋的时候，引起了周公直家中一个家仆的怀疑，就禀告了周公直。周公直感觉事态严重，就上报给了镶黄旗监生郎廷枢。正黄旗都统图海、祖永烈等迅速点起官兵，亲自包围了周公直的府邸。杨起隆组织起义官兵顽强对抗，但毕竟双方兵力太过悬殊，义军很快就被镇压下去，除杨起隆少部分人得以逃离北京城，正黄旗周公直家中的奴仆陈益、杨起隆的妻子马氏及随从均被清军俘虏。为了搜捕杨起隆及其跟随者，清政府在北京城大肆搜捕，数百人被抓获，上千人受到牵连，其中有200多人被处决，并在全国通缉首恶杨起隆。
可是转眼三年过去了，“朱三太子”不仅没有捉拿到案，在福建反而又冒出了一个“朱三太子”。这个“朱三太子”原为福建漳州府龙溪县人蔡寅，以“种园为主”。康熙十六年，郑成功之子郑经的部队在泉州、漳州被清兵击溃后，被迫撤离到了厦门。蔡寅纠集了海上一些散兵残勇，派许挺潜入泉州，并联络郑成功之子郑经，试图与郑经里应外合，夺回被清政府收复的泉州。其间，起义军以白布裹头，时人谓之白头贼。起义军在南靖、长泰、同安等地秘密开展反清活动，多次挫败了清军，有力的支援了郑经。由于敌我双方兵力悬殊，不久兵败于清军，只好投靠了郑经，并改名为蔡文明。
康熙十八年，清太祖爱新觉罗·努尔哈赤之孙岳乐驻师枫木岭时，在湖南省新化县僧寺抓获一个人，此人自称为崇祯太子朱慈灿。据其供述，李自成破京都以后，他从北京逃出，前去南京投靠福王朱由菘。朱由菘为了证明自己的合法性，就将朱慈灿关押了起来，释放后被贬为平民。辗转流落到河南，落发为僧，跟朽木和尚习佛法。后来因病还俗，就在永州、宝庆一带密谋反清。康熙皇帝看了岳乐的奏折，说：我曾此事问过了前明太监，李自成破京城时，朱慈灿年纪尚幼，怎么能逃出京城，现在怎么还能活着？康熙皇帝为了证实此人的真伪，命岳乐将其押解到北京再行审议。到了北京后，康熙皇帝让他和杨起隆的妻子及相关跟随者对质，不仅杨起隆的跟随者不认识，就连杨妻也不认识。于是，康熙皇帝以假冒太子罪将其斩首示众。
康熙一朝，各地反清义军动不动就借用“朱三太子”的名头号召群众朝廷反清斗争，“朱三太子”也有多个说法，有的说是朱慈灿；有的是说是朱慈焕，其实，真实的朱三太子到底是谁，当时他是否真的活在世上，已经不重要了，重要的是，清政府始终坚持的民族歧视和民族压迫政策，让汉民族感情上的创伤短时期无法愈合，不断出现“的朱三太子”起义军也在情理之中了。
雍正说：我封你一个“朱三太子”，让你荣华富贵如何？到了雍正皇帝执政的时候，他看到天下的“朱三太子”像割韭菜一样，好不容易把这茬割完了，又冒出来新的一茬，何时是个头啊，既然有人怀念“朱三太子”，那么我就通过官方指定一个真的“朱三太子”，看你们还会以何种名义闹下去！于是，雍正皇帝通过考证，找到了朱元璋第十三子朱桂的后代朱之琏。崇祯年间，朱之琏的祖父朱彝某被清军俘虏后编入镶白旗下。康熙年间，朱之琏入仕为官，颇有名声。雍正皇帝查找崇祯后人时，有人就将其报到了朝廷。雍正皇帝非常高兴，将其召入朝廷，直接赐一等侯，世袭罔替，并将其抬入三旗之一的正白旗。每年春秋祭明孝陵时，朱之琏就以前明后人的身份去南京，行明朔，用明礼之实，祭祀朱元璋。
但有一些历史专家认为，朱之琏的身份可疑，一个最重要的证据就是，朱元璋生前就给自己二十六个儿子的后代排列了辈分，比如，长子朱标后世的辈分是：允文遵祖训，钦武大君胜，顺道宜逢吉，师良善用晟；四子朱棣后世的辈分是：高瞻祁见祐，厚载翊常由，慈和怡伯仲，简靖迪先猷； 十三子朱桂后世的辈分是：逊仕成聪俊，充廷鼐鼎彝，传贻连秀郁，炳燿壮洪基。不仅如此，朱元璋还规定，子孙后世名字最后一个字还必须是以五行做偏旁的字，五行以”木、火、土、金、水”为顺序，比如朱元璋的长子为朱标，长孙为朱允炆。据此而言，朱之琏字辈为贻，最后一个字应该是一个“土”字旁的汉字。
当然也有人认为，根据朱之琏的祖父朱彝某的名字推断，朱之琏应该为朱元璋十三子朱桂的后裔，至于朱之琏不再使用祖宗留下的字辈起名，大约这个时候明朝早已灭亡，清政府四处迫害前明宗室后裔，躲都躲不及，谁还敢再往枪口上撞，为保平安，只好改名。
总之，不管朱之琏否真为明朝皇室后裔，但是对于朱之琏来说，真是天大的幸运。朱之琏的子孙世代享受着一等侯待遇，甚至清朝灭亡了，被袁世凯归到了清朝皇室，仍然可以从民国政府领取一大笔生活补助。对于清政府而言，有这么一个正宗的大明宗室后裔在此，其他心怀叵测的人再也不能以故明太子的身份造反了，花钱买到天下太平，实在是天下最划算的买卖。
乾隆说：逆境中的“朱三太子”真能活！雍正立朱之琏为前明皇室后裔后，民间的反清组织虽然仍然不绝，甚至到了乾隆年间，仍然有人在菲律宾北部的吕宋岛打着“朱三太子”的名号组织反清活动。传闻说在崇祯主政的时候，就知道大明王朝早晚得完，就下拔数百万银子前往吕宋岛安置移民、兴建岛屿。李自成破城后，崇祯皇帝就让自己的儿子前往吕宋岛，领导那里的前明遗民进行反清活动。
此时，离明朝灭亡已近百年，如果真有朱三太子的话，恐怕也超过了100多岁，更是不足为信。
纵观历史，其实自满清入关到宣统退位，从清初的“朱三太子”、到后来的“红花会”、“白莲教”、“太平天国”，民间起义组织一直不断，这也说明了，清政府推行的民族歧视和民族压迫政策引起了广大人民群众的不满，他们渴望回到汉人统治的大明王朝。而至于一直出现的“朱三太子”只不过反清复明组织秘密结社的一种手段罢了。至于真正的朱三太子，是死于了明末清初那场战乱中，还是隐匿在了民间已经不重要了。也许，对于崇祯皇帝的儿子来说，能在清廷的统治之下，在民间能够晨炊星饭、 承星履草平平安安过完自己的一生，又何尝不是一种幸运呢？