神奇宝贝:水晶塔皇帝的电影情节

故事发生在美丽的格陵兰小镇。镇上的居民之一，神奇宝贝的李秀博士正在研究神奇宝贝不可预测的未知图腾。他和他的助手找到了一口井，但李秀被吸进了另一个维度。他的失踪让他的女儿小梅感到孤独，她的母亲早就失踪了。小梅发现了一盒带有未知图腾画像的石板，开始玩它，召唤出未知的图腾。不知名的图腾利用自己的能力让小美的愿望成真，将她的庄园变成水晶宫，并继续向外扩张，使小美与世隔绝；他还创造了炎帝作为小梅的父亲。许多人，包括达木博士和华子，来试图赶走未知的图腾。

与此同时，小智一行认识了小玲，并与她交了朋友。他们来到绿地镇，决定参与救援并在途中救出小梅。但是炎帝听从了小梅的要求，要她找回母亲并绑架了华子。为了营救华子，小智、小霞、小刚和他们的神奇宝贝与达木保持联系，并借助小玲提供的神奇宝贝装置前往豪宅。火箭队试图调查大宅，被炎帝击中，坠入大宅深处。小美在电视上看到小智一行人后睡着了，想象着自己变成了神奇宝贝训练师。看到电视上的小智，华子摆脱了恍惚状态，没有被炎帝注意到。然后炎帝在梦中创造了一个成年的小梅，并带她去对抗小智一行。她与小刚进行了第一次战斗，但她梦想中的神奇宝贝远比小刚好。后来，她与小霞进行了一场水下友谊赛，但胜负未定。小智设法找到了小梅和华子，但小梅拒绝和他一起离开结晶塔。炎帝试图阻止小智和华子一起离开，并与小智进行了斗争。然后炎帝试图将小智和皮卡丘撞下悬崖，但他们被小智中的喷火龙所救。喷火龙随后携带小智与炎帝战斗，被炎帝从空中击落。炎帝差点杀死喷火龙，但小梅命令前助手并恳求他停止战斗。小智和他的朋友劝说小梅和他们一起离开，炎帝立即承认这是由一个不知名的图腾制作的，以扮演小梅的父亲。

不明图腾突然失去控制，试图阻挡一群人进入豪宅。小智，皮卡丘，喷火龙，小霞，小刚，华子，小美和火箭逃到未知图腾所在的大厅。皮卡丘和喷火龙试图打破保护未知图腾的力场，但最终失败了——炎帝加入后，在小梅的帮助下，奇信一起打破了护盾。炎帝自我牺牲后，未知的图腾立即回到了另一个维度，这一次，所有对现实世界的影响都被消除了，李秀博士被送回了他最初失踪的遗骸。

一群人冒险走出去，见到了达木医生和小玲。影片的最后，喷火龙和小玲离开了小智；小梅得到了一只熊宝宝，并与她的父亲团聚-然后与她的母亲团聚。