九华山隧道是在水下吗

有部分是在水下的。

根据查询快懂百科资料显示，九华山隧道从九华山山体下穿，一路穿越玄武湖，连接玄武湖东西向隧道，并与新庄立交相接。该工程因此被公认为是南京施工难度最大、地质条件最复杂的城建项目之一。由此可见，九华山隧道是一条穿越九华山山体和玄武湖的隧道。